يتضمن المركز المختبرات التالية :
1- مختبر الكائنات الحية الدقيقة البحرية. 2- مختبر المياه.
3- مختبر الرواسب البحرية والتربة. 4- بالإضافة إلى الاستعانة بمختبرات كلية العلوم وكلية الهندسة بالجامعة.